菌肥的主要作用，是由活菌决定的。
（活菌通过自己的活动，分解土壤里的营养物质变成植物可以吸收的养分，分泌一些对植物生长有用的物质，也有有效菌死去之后留下的物质。）
具体每一种活性菌有自己主要的作用，不是一种活性菌具备以下所有的作用。
一、对土壤的作用：
增加营养元素的有效含量、减少化肥施用，增加有机肥效果。
二、对植物的作用：
帮助植物吸收营养、刺激植物生长，增加植物抗逆性、让植物长得更好。
三、对有害生物的作用：
防治有害生物，增加抗病性。